L’hôpital Laveran a été inauguré le 7 novembre 1963 par le médecin général inspecteur Paraire, directeur du service de santé des armées, en présence du général de corps d’armée Houssay, commandant la 9ème région militaire.

            Construit sur le Domaine de la Rose acquis par l’administration des hospices de la ville de Marseille en 1896, et mis à disposition de l’autorité militaire pendant la guerre de 1914-1918 par convention renouvelée, il a remplacé l’hôpital militaire Labadie, hôpital dont les baraquements logeaient les militaires atteints de maladies contagieuses.

            Digne successeur de l’hôpital militaire Alphonse Laveran n°303 de Constantine fermé le 1er mars 1963 puis remis aux autorités algériennes le 1er avril 1963, il porte, comme lui, le nom d’un illustre médecin militaire, découvreur en 1880, en Algérie, du parasite responsable du paludisme. Cette découverte sera récompensée, en 1907 par le prix Nobel de Médecine.

            Construit au départ pour compléter l’équipement hospitalier militaire de la région en attendant la rénovation de l’ancien Michel Levy et comme hôpital de convalescence pour les malades évacués des théâtres d’opérations extérieurs, il deviendra très rapidement en septembre 1966, hôpital d’instruction des armées et remplacera l’hôpital Michel Levy aujourd’hui disparu.

            Une opération d'infrastructure majeure consistant à mettre aux normes l'ensemble des réseaux techniques de l'HIA est planifiée entre 2013 et 2017. Elle sera réalisée par phases d'une année environ, tout en conservant l'activité clinique de l'HIA, et sera le point de départ d'améliorations fonctionnelles nécessaires à l'adaptation de l'offre de soins de l'HIA LAVERAN.